自我國實施醫(yī)療機構(gòu)分類管理制度以來，各地衛(wèi)生行政部門早已對醫(yī)療機構(gòu)進行了劃分，并對新申請設(shè)置的醫(yī)療機構(gòu)嚴格進行分類核定。但由于分類管理制度仍有許多理論問題沒有厘清，這一制度的實施存在一定的隱患。
首先，分類管理制度法律依據(jù)不足。《醫(yī)療機構(gòu)管理條例》及其《實施細則》，是目前醫(yī)療機構(gòu)管理唯一的專門性法規(guī)，但其中對分類管理制度沒有任何規(guī)定。分類管理制度的出于2000年出臺的《關(guān)于城鎮(zhèn)醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革的指導意見》，是“國務(wù)院辦公廳轉(zhuǎn)發(fā)”的文件，其法律效力等級肯定低于行政法規(guī)，如果兩者內(nèi)容有抵觸，后者的規(guī)定自然是無效的。
可見，根據(jù)《指導意見》實施分類管理制度，要求取得《醫(yī)療機構(gòu)執(zhí)業(yè)許可證》的營利性醫(yī)療機構(gòu)，按現(xiàn)行法律法規(guī)的規(guī)定，還需到工商、稅務(wù)等有關(guān)部門辦理相關(guān)登記手續(xù)。根據(jù)“登記通知”要求醫(yī)療機構(gòu)進行“民辦非企業(yè)單位登記”，沒有充分的法律依據(jù)，一旦面臨行政訴訟則必敗無疑。
其次，分類管理制度分工不合理且后續(xù)監(jiān)管缺失。劃分兩類不同性質(zhì)的醫(yī)療機構(gòu)，《關(guān)于城鎮(zhèn)醫(yī)療機構(gòu)分類管理的實施意見》中規(guī)定：“主要依據(jù)是醫(yī)療機構(gòu)的經(jīng)營目的、服務(wù)任務(wù)，以及執(zhí)行不同的財政、稅收、價格政策和財務(wù)會計制度。”可見，兩類醫(yī)療機構(gòu)最實質(zhì)的區(qū)別，在于“執(zhí)行不同的財政、稅收、價格政策和財務(wù)會計制度”。而這只能通過對醫(yī)療機構(gòu)“資金流”進行分析，對價格財會制度進行審核，才能準確核定和有效監(jiān)管。
目前，醫(yī)療機構(gòu)的設(shè)置審批、登記注冊、校驗及分類的核定工作，主要由衛(wèi)生行政機關(guān)的醫(yī)政部門承擔，盡管“實施意見”中規(guī)定醫(yī)療機構(gòu)性質(zhì)的界定，“衛(wèi)生行政部門應(yīng)會同有關(guān)部門根據(jù)醫(yī)療機構(gòu)投資來源、經(jīng)營性質(zhì)等有關(guān)分類界定的規(guī)定予以核定”，但由于現(xiàn)實中將“核定”工作捆綁于醫(yī)政部門的“設(shè)置審批、登記注冊和校驗”，操作中有意無意地把核定工作給忽視掉了，加上醫(yī)政人員的專業(yè)技能很難勝任對兩類醫(yī)療機構(gòu)的“資金流”進行專業(yè)性的審核，這樣的分工顯然是不合理的。
有效實施分類管理制度，需要完善相關(guān)政策。首先，應(yīng)修訂《醫(yī)療機構(gòu)管理條例》及其配套文件，加入分類管理的具體內(nèi)容，使這一制度合法化。其次，對于兩類醫(yī)療機構(gòu)的“核定”和“后續(xù)監(jiān)管”工作，應(yīng)明確規(guī)定由財政部門及衛(wèi)生行政機關(guān)中的規(guī)劃財務(wù)部門承擔。再者，應(yīng)定期審查非營利性醫(yī)療機構(gòu)的財務(wù)狀況、資金流向，看其盈利是否用于了擴大再生產(chǎn)，以確保國有資產(chǎn)的安全。
